Най-тежкият грях, който му приписват историците, е включването на Царство България във Втората световна война на страната на Нацистка Германия. Това става на 1 март 1941 г. с договор подписан във виенския дворец Белведере. Безспорен обаче е приносът му на учен в археологията и историята на античното и средновековно българско изкуство.
Именно Филов поставя началото на методични археологически разкопки в България: първите са в Хисаря през 1909–1910 г. А след това следват първите проучвания на античния град Кабиле край Ямбол през. По време на войните със съседите пътува заедно с армията и паралелно на военните действия провежда разкопки, доказващи българското присъствие. Така започват три продължителни научни пътувания в Източна Тракия, Беломорието, Вардарска Македония и Поморавието. Спасява и разкрива паметници на културата, води подробни дневници. Във Вардарска Македония, много от спасените тогава над 400 български старини са пазени дълго време в т.нар. „Секретен фонд“ в Народния археологически музей. Организира разкопките на Требенишкия некропол край Охридското езеро.
Прави и проучвания в софийските църкви „Св. София“, „Св. Георги“, както и в Боянската църква.
По-късно проучва и обнародва богатия тракийски могилeн некропол при село Дуванлий до Пловдив и куполните гробници при Мезек край Свиленград. Основател и пръв директор на Българския археологически институт, член на Управителния съвет на БАИ, председател на Българската академия на науките.
Не по-малко блестяща е и преподавателската му дейност в Софийския университет и още няколко европейски висши училища.
На 7 септември 1944 подава оставка като премиер, под натиск от новия премиер Константин Муравиев.
Арестуван на Чамкория няколко дни след Деветосептемврийския преврат, а по-късно изправен пред Народния съд. Подсъдимият учен се държи достойно и отрича да е виновен за следваната от него политика и ориентация на страната. Посреща хладнокръвно и смъртната присъда.
Филов е екзекутиран е заедно с другите регенти, министри, депутати през нощта на 2 февруари 1945 година.
Цялото имущество на семейството му е конфискувано, а научните титли — отнети. Името на Б. Филов за дълги години е зачеркнато и забравено от научната и политическа сфера у нас, неговите съчинения са забранени, укривани или унищожени. Стига се до абсурда главните му приносни трудове по археология и тракология да се цитират без име, а със звездички.
Присъдата на Народния съд е отменена с Решение № 172 на Върховния съд от 26 юни 1996 г. Реабилитиран е научно на сесия на Археологическия институт едва през март 1990 г., а не много след това е възстановен и портретът му в сградата на БАН като бивш председател на Академията.
Публикувано със съгласието на Faktor.bg
Безплатна „Зелена зона“ в Стара Загора по време на празничните дни, съобщиха за ЗАРАТА Старозагорци…
Глобиха собственик на кучета, нарушил три закона едновременно, съобщиха за ЗАРАТА 382 санкции глоба с…
Над 500 писма до Дядо Коледа в кутията на Старозагорския куклен театър, съобщиха за ЗАРАТА…