Св. Софроний се родил в Дамаск в VI в. от богати и знатни родители. Станал ученик на Йоан Мосх и предприел с него далечни странствувания.
Заедно посетили те отначало палестинските пустинници, после – египетските и сирските и описали техните жития и подвизи. Така съставили книгата „Лимонар“ или „Луг духовний“ (Духовна градина). Дълго живели те в Антиохия, а в Александрия били близо до св. патриарх Йоан Милостиви, комуто помагали в трудовете му. В Александрия Софроний приел монашеско пострижение. В това време различни бедствия тежели над Църквата. Йерусалим се намирал под властта на персите, които отнесли и самия кръст, на който бил разпнат Спасителят, и държали в плен патриарх Захарий.
Персите се приближили и до Александрия и св. патриарх Йоан Милостиви трябвало да излезе от там. Йоан Мосх и Софроний го придружавали до смъртта му и присъствували на неговото погребение в родния му остров Кипър. След това те посетили Цариград и Рим. В Рим Йоан Мосх се поминал и неговият ученик Софроний пренесъл тялото му в Палестина, където той останал да живее.
Софроний твърдо противодействувал на заблужденията на монотелитите, чиято ерес поддържали император Ираклий и патриарсите Кир Александрийски и Сергий Цариградски. В 729 г. патриарх Захарий се върнал в Йерусалим и отново заел патриаршеския престол. Негов приемник бил Модест, който управлявал Църквата само две години, и след него бил единодушно избран св. Софроний (634 г.). За да противодействува по-успешно на лъжеучението, той свикал събор в Йерусалим. Със съборно послание той изяснил истинското учение на Църквата.
През време на светителстването на патриарх Софрония в 636 г. Йерусалим бил превзет от арабите. Пълководецът на халифа, Омар, обсадил града. Той предложил на Омара условия за предаване. Срещу уговорените от патриарха условия Омар обещал да не разрушава християнските църкви и да не угнетява християните. На мястото, където бил храмът на Соломон, Омар построил джамия, известна и сега под името „Омарова джамия“. Той до края на живота си оказвал уважение към светителя, който се поминал около 638 година.
Св. Софроний Йерусалимски е оставил няколко поучителни слова, обяснение на литургията, житие на св. Мария Египетска, разказ за чудесата на св. Кир и Йоан, много църковни песни и съборно послание, което на Шестия вселенски събор (681 г.), свикан против монотелитите, било признато за напълно апостолско учение.