Лъжеучението на Арий особено се разпространило при император Валент. Като приел кръщение от арианския епископ Евдоксий, Валент му се заклел да преследва православието във всички средства и изпълнил обещанието си. Тринадесет годишното му царуване било непрекъснато гонение против православните. Той издал указ, по силата на който, без да се щади ни възраст, ни пол, ни сан, всички да бъдат заставени да приемат арианството, а противещете се да бъдат смъртно наказани. Гонението с особена жестокост свирепсвало в Цариград, където всички православни църкви били затворени, а някои били обърнати в конюшни.
Исаакий научил за страшните притеснения на православните християни и побързал да отиде в Цариград, за да се противопостави.
Когато Теодосий Велики встъпил на престола, въдворил мир в Църквата. Успокоен за християните Исакий пожелал да се върне в пустинята си, но бил разубеден. Сатурнин му построил в околностите на града обител, в която скоро се събрали много иноци.
Той умрял в дълбока старост около 380 г., след като определил заместника си за игумен – един инок, на име Далмат, от когото обителта по-късно получила своето название, та и нейният основател останал в църковната памет като Исаакий Далматски. Мощите на св. Исаакий били поставени в църквата „Св. първомъченик Стефан“.
